Przyszedł na świat w zasymilowanej inteligenckiej rodzinie żydowskiej. Jego ojciec był właścicielem domu bankowego. Początkowo Brandysowie mieszkali w Łodzi. Ich synowie Marian i o cztery lata młodszy Kazimierz chodzili do szkoły męskiej Zgromadzenia Kupców Miasta Łodzi, wówczas jednej z najlepszych w Europie, ze sprowadzanymi z zagranicy nauczycielami języków obcych. Później Marian Brandys ukończył Wydział Prawa na Uniwersytecie Warszawskim. Pracował jako aplikant sądowy.
Podczas kampanii wrześniowej jako porucznik rezerwy został dowódcą konnego plutonu karabinów maszynowych Grupy Operacyjnej "Polesie". Brał udział w walkach w rejonie Woli Gułowskiej, stanowiących ostatni etap bitwy pod Kockiem. W październiku 1939 trafił do oflagu II-C Woldenberg (dzisiejsze Dobiegniewo w Zielonogórskiem).
Po wojnie pracował jako dziennikarz w Gdyni, między innymi był współredaktorem czasopisma "Wiatr od Morza" .
W latach 50. i początku lat 60. publikował głównie zbiory reportaży. Jako pisarz zadebiutował w 1952 roku "Początkiem opowieści", książką o budowie Nowej Huty, gloryfikującą PRL-owską rzeczywistość.
Przebył ideową drogę od propagatora socrealizmu w okresie stalinowskim do wejścia w krąg opozycji demokratycznej w latach siedemdziesiątych.
Pisał również powieści i opowiadania dla dzieci i młodzieży