Jako syn zwyczajnego wytwórcy kredy z Akademii Armedius Joel może się jedynie przyglądać, jak młodzi Rytmatyści uczą się magicznej sztuki, dla której on poświęciłby wszystko. Uczniowie zaczynają znikać – są porywani ze swoich domów, a pozostają po nich jedynie plamy krwi.
Joel zostaje pomocnikiem profesora, którego zadaniem jest zbadanie zabójstw młodych adeptów magii i wkrótce wraz z przyjaciółką Melody trafia na ślad zaskakujących odkryć, które na zawsze zmienią Rytmatykę.