Zasadnicza część rozprawy została ograniczona do okresu przypadającego na lata 1997-2003. Struktura pracy została podzielona na pięć rozdziałów. W początkowej części rozdziału I znalazło się miejsce na dokonanie rozważań terminologicznych. Natomiast w drugiej jego części podjęto rozważania na temat podstawowych założeń wizji zjednoczonej Europy przedstawianej przez Jana Pawła II w okresie od 1978 r. do początków 1997 r. W pozostałych czterech rozdziałach pracy punktem wyjścia do dokonania analizy cech charakterystycznych stanowiska Kościoła polskiego wobec UE w danym okresie była uprzednia prezentacja wysiłków i wypowiedzi Jana Pawła II oraz ukazanie konkretnych kroków podejmowanych przez inne Kościoły partykularne na rzecz jedności europejskiej. Następnie prezentowano konkretne działania i wygłaszane opinie przedstawicieli polskiego Kościoła. Tak więc, w rozdziale II, dotyczącym okresu lat 1997-1998, opisano m.in. spotkanie Papieża z prezydentami kilku państw Europy środkowo-wschodniej w Gnieźnie. W okresie omawianym w tym rozdziale zaprezentowano pierwsze elementy wpływające na kształtowanie się stanowisk Kościoła polskiego do Unii. Szczególną atencję poświęcono wizycie delegacji Konferencji Episkopatu Polski w Brukseli, a także analizie słów skierowanych przez Jana Pawła II do polskich biskupów podczas tzw. wizyty Ad limina. W rozdziale III opisano fakty kształtujące stanowisko Kościoła w latach 1999-2000. Omówiono tu m.in. efekty II Specjalnego Synodu Biskupów Europy, a także zaprezentowano znaczenie papieskiej wizyty w Ziemi Świętej. Wytyczanie horyzontów w dialogu międzyreligijnym uznano bowiem za istotny element papieskiej idei europeizacji. Ponadto szczególną uwagę poświęcono tzw. Zjazdowi Gnieźnieńskiemu w roku 2000. Rozdział IV dotyczy wydarzeń i faktów, które miały miejsce w latach 2001-2002. W tym okresie odbyły się papieskie wizyty w krajach niekatolickich, w których dominują wyznania niekatolickie. Podróże te miały nie tylko wymiar ekumeniczny lecz także stanowiły kolejny element w budowaniu papieskiej wizji europeizacji. W tym czasie też zaczęły silniej niż dotychczas napływać niepokojące dla Kościoła sygnały z Unii Europejskiej, które dotyczyły projektu konstytucji UE, a także liberalizacji prawa w sferze moralności. W rozdziale tym omówiono także pierwszy oficjalny dokument poświęcony integracji z Unią, który Episkopat Polski przyjął w 2002 r. Rozdział V obejmuje kilka pierwszych miesięcy 2003 r. Pomimo tego, że szybko zbliżał się termin referendum akcesyjnego w Polsce, debata na temat stanowiska Kościoła ciągle była bardzo ożywiona. Przesłanki do niej przyniosły wypowiedzi Jana Pawła II, ale także dyskusje z rządem: na temat zagwarantowania nadrzędności ustawodawstwa polskiego w dziedzinie moralności oraz w kwestii poparcia władz polskich dla postulatów Kościoła wobec unijnej konstytucji. W rozdziale tym omówiono również dokumenty dotyczące integracji z Unią, które wypracowała Konferencja Episkopatu Polski.