Syn Zygmunta. W 1936 zdał maturę w Gimnazjum Zana w Pruszkowie. W tym samym roku zadebiutował na łamach „Kuźni Młodych” jako prozaik i publicysta. Odbył służbę wojskową we Włodzimierzu Wołyńskim. W 1937 rozpoczął studia na Wydziale Prawa UJ, zgodnie z życzeniem swego ojca, prawnika i ekonomisty, jednak już w 1938 przeniósł się na Wydział Humanistyczny UJ na polonistykę. Po wybuchu wojny kontynuował studia na tajnych kompletach. Po wojnie ukończył filologię polską na Uniwersytecie Wrocławskim. Jako poeta zadebiutował w 1941 na łamach konspiracyjnego „Miesięcznika Literackiego”, którego nakładem opublikował swój zbiór wierszy pod tytułem Rdza. Oprócz powieści, opowiadań i utworów poetyckich Wojciech Żukrowski pisał także scenariusze, dialogi do filmów (np. Ogniem i mieczem czy Potop według Henryka Sienkiewicza).
Był uczestnikiem kampanii wrześniowej. W bitwie pod Różanem w 1939 został ranny. W czasie okupacji należał do organizacji konspiracyjnej Unia. Był oficerem AK – walczył w zgrupowaniu „Żelbet” jako dowódca. Działacz podziemia kulturalnego. W latach 1939–1945 pracował w kamieniołomach na Zakrzówku w Krakowie. Wraz z Karolem Wojtyłą pracowali w kamieniołomie Solvay. Przyjaźń z przyszłym papieżem przetrwała aż do śmierci pisarza. Wojciech Żukrowski był na ingresie Jana Pawła II w Rzymie. Prowadzili ożywioną korespondencję. Ostatni list Jana Pawła II jest opublikowany w książce wspomnieniowej o pisarzu wydanej w 2008: Wojciech Żukrowski we wspomnieniach córki i przyjaciół. Podczas pogrzebu na Warszawskich Powązkach ówczesny prezes ZLP, Piotr Kuncewicz, odczytał telegram przesłany na jego ręce przez papieża Jana Pawła II.
W latach 1945–1947 jako oficer ludowego Wojska Polskiego dowodził IV Samodzielnym Batalionem Samochodowym. Fabularną wersję wydarzeń tego okresu przedstawiał Żukrowski w powieści Skąpani w ogniu (1961), a wspomnienia z tego okresu można znaleźć w książce Zsyp ze śmietnika pamięci (wyd. 2002). Po ujawnieniu AK-owskiej przeszłości został wydalony z wojska i zdegradowany. W 1947 przeniósł się z żoną, którą poślubił w 1945, do Wrocławia. W 1951 przeprowadził się do Warszawy, na odbudowany po wojnie Mariensztat. W latach 1953–1954 przebywał w Wietnamie i Chinach jako korespondent wojenny.
W okresie 1953–1956 jego książki były na indeksie jako katolickie i reprezentujące nurty burżuazyjne; nie wznawiano Porwania w Tiutiurlistanie i Piórkiem flaminga. Lesław Bartelski opisuje on ten okres następująco:
W latach 1956–1959 pracował jako radca ambasady PRL w Nowym Delhi w Indiach. Beletrystycznie przedstawił ten pobyt w powieści politycznej Kamienne tablice oraz opowiadaniach humorystycznych Wędrówki z moim Guru. W 1961 przebywał w Laosie. Rezultatem pobytu jest reportaż pt. W królestwie miliona słoni.
Był długoletnim felietonistą miesięcznika „Widnokręgi”, recenzentem i komentatorem piszącym do dwutygodnika „Nowe Książki”, publikował także na łamach tygodnika „Świat”. Był działaczem Ogólnopolskiego Komitetu Pokoju, w latach 1982–1988 przewodniczący polskiej sekcji IBBY (International Board of Books for Young People). W latach 1986–1989 pełnił funkcję prezesa Związku Literatów Polskich, członek PEN Clubu.
W latach 1972–1989 był posłem na Sejm z okręgu Chorzów (bezpartyjny). W latach 1983–1989 był przewodniczącym Krajowej Rady Towarzystwa Przyjaźni Polsko-Radzieckiej. Wieloletni członek Rady Naczelnej organizacji kombatanckiej ZBoWiD. W 1983 został także członkiem Rady Krajowej PRON. W 1985 powołany w skład Prezydium Rady Naczelnej ZBoWiD. W latach 1988–1990 członek Rady Ochrony Pamięci Walk i Męczeństwa[6]. W latach 1986–1989 był członkiem Ogólnopolskiego Komitetu Grunwaldzkiego, a w latach 1986–1988 członkiem Społecznego Komitetu Odnowy Starego Miasta Zamościa.
Nigdy nie miał posady oprócz krótkiego epizodu w AL (który zacierał przeszłość w AK i uchronił go przed więzieniem) i pracy w ambasadzie w Nowym Delhi 1956–1959 (Patrz: W. Żukrowski: Zsyp ze śmietnika pamięci).
W 1981 jednoznacznie i publicznie poparł generała Wojciecha Jaruzelskiego i wprowadzenie stanu wojennego. W środowiskach warszawskiej solidarnościowej inteligencji organizowano wtedy akcje protestacyjne i zwracano Wojciechowi Żukrowskiemu jego książki