W pierwszych latach II wojny światowej prałat O'Flaherty odwiedzał obozy jenieckie na terenie Włoch, dopytując się o więźniów. O ile to było możliwe, informował rodziny o ich losie na antenie Radia Watykańskiego. Gdy w 1943 Włochy przeszły na stronę aliantów, tysiące brytyjskich jeńców wojennych opuściło obozy. Ci, którzy pamiętali wizyty O'Flaherty'ego, próbowali odnaleźć go w Rzymie, by uzyskać jakąś pomoc. Ten organizował pomoc, nie czekając na zgodę swoich przełożonych. Grupa O'Flaherty'ego ukryła 4000 uciekinierów – żołnierzy i Żydów – w prywatnych mieszkaniach, w gospodarstwach rolnych i w domach zakonnych. Jedna z pierwszych kryjówek zlokalizowana była w pobliżu rzymskiej siedziby SS- w myśl zasady, że pod latarnią najciemniej. Głównymi koordynatorami przedsięwzięcia byli O'Flaherty i Derry. Gdy prałat opuszczał Watykan, dla niepoznaki przebierał się w świeckie stroje. Władze niemieckie chciały uniemożliwić prowadzenie działalności pomocowej. Gdy zorientowały się, iż mózgiem całej akcji jest ksiądz z Watykanu, próbowały go zabić. Chociaż znały jego tożsamość, bez złamania prawa nie mogły go aresztować, dopóki pozostawał na terenie watykańskim. Gdy ambasador niemiecki poinformował ks. O'Flaherty'ego, że władze okupacyjne są świadome jego działalności, prałat zaczął spotykać się z członkami organizacji na schodach Bazyliki Św. Piotra. Z prałatem O'Flaherty współpracowali w tajemnicy księża, zakonnicy i świeccy, ukrywając uciekinierów we własnych domach w Rzymie i okolicy. Mussoliniemu nigdy nie udało się przekonać do siebie całego włoskiego społeczeństwa, część ludzi, w tym znaczna liczba arystokratów, sprzeciwiała się regułom faszyzmu i otwarcie, z narażeniem życia to głosiła. Ci właśnie ludzie pomagali O'Flaherty'emu, czy to oferując swoje domu, mieszkania, pałace, jako lokum dla uciekinierów, czy też często oddając swoje majątki na ten cel. W dość krótkim czasie naszemu bohaterowi udało się stworzyć aktywnie działającą grupę ludzi, dla których najważniejsze było niesienie pomocy Żydom oraz alianckim jeńcom z obozów. Wszystkim potrzebującym udzielano schronienia, karmiono ich i leczono.Bardzo zaangażowana w organizację pomocy i ukrywanie jeńców i Żydów, była urodzona na Malcie wdowa Chetta Chevalier. Chevalier, która nie zważając na grożące jej niebezpieczeństwo, ukrywała ich we własnym domu, razem z jej własnymi dziećmi. Jej działalność nie została wykryta Żydowskie nabożeństwa były odprawiane w Bazylice Św. Klemensa, pod obrazem Tobiasza. Świątynia ta była pod jurysdykcją rządu irlandzkiego. Herbert Kappler, szef Gestapo w Rzymie, dowiedziawszy się o działalności watykańskiego purpurata, nakazał namalować białą linię na granicy pomiędzy Watykanem a Włochami. Gdyby O'Flaherty ją przekroczył, należało go natychmiast zastrzelić. Ludwig Koch, przywódca neofaszystowskiej policji włoskiej w Rzymie, miał kilkakrotnie wyrażać chęć długiego torturowania księdza przed egzekucją, jednak O'Flaherty nigdy nie został zatrzymany.Gdy siły alianckie dotarły w czerwcu 1944r. do Rzymu, 6425 uchodźców wciąż pozostawało przy życiu. Ks. O'Flaherty wymógł, by więźniowie niemieccy byli traktowani z respektem. Następnie poleciał do RPA, by spotkać się z włoskimi jeńcami, jak również do Jerozolimy, by zbadać sytuację uchodźców żydowskich. Kościół katolicki, m.in. dzięki działalności ks. O'Flaherty'ego, pomógł w schronieniu 3000 w Castel Gandolfo, 200 do 400 wśród „członków” Gwardii Palatyńskiej, około 1500 w klasztorach, konwentach i kolegiach katolickich. Pozostałych 3700 ukrywało się w prywatnych domach. Prałat Hugh O'Flaherty został uhonorowany Orderem Imperium Brytyjskiego, amerykańskim medalem Wolności, izraelskim medalem Sprawiedliwy Wśród Narodów Świata odznaczeniami rządu Kanady i Australii. O'Flaherty nie przyjął przyznanej mu przez rząd włoski dożywotniej renty. W 1983 powstał film telewizyjny Purpura i Czerń ( The Scarlet and the Black) z Gregorym Peckiem w roli głównej, w którym zostały przedstawione losy O'Flaherty'ego od zajęcia Rzymu przez Niemców aż do wyzwolenia miasta przez wojska alianckie.Książka wywarła na mnie ogromne wrażenie, rzadko można było spotkać na kartach historii Watykanu takie osoby jak ksiądz O'Flaherty. Oczywiście ze względu na to, że teren Państwa Kościelnego był chroniony przed Niemcami, księdzu było o wiele łatwiej działać, ale Watykan to nie tylko jeden duchowny, były ich setki, a tylko O'Flaherty miał na tyle serca i odwagi, żeby rozkręcić taką akcję i koordynować ją tak długo z narażeniem własnego życia. Bez względu na sytuację O'Flaherty potrafił wypełnić swoje powołanie i zadanie, jako osoba duchowna. Autor pokazał nam w swojej książce osobę o wielkim sercu, osobę niezwykle odważną, mądrą i dobrą. Książka jest połączeniem biografii i powieści sensacyjnej, napisana jest konkretnie, językiem prostym, bez natłoku faktów, dat i wydarzeń. O okupacji Rzymu i II wojnie światowej autor wspomina tyle na ile dot. to działań głównego bohatera. Gorąco polecam.