Jest to powieść o prześladowaniu chrześcijan w XVII- wiecznej Japonii. Misjonarze próbowali dotrzeć do odległych zakątków świata, między innymi na Daleki Wschód, i udawało im się to. Skutecznie zakładano gminy chrześcijańskie, ale zasady nowej wiary kłóciły się z istniejącymi na tamtych terenach wierzeniami i z feudalnym uciskiem społeczeństwa oraz zależnościami, które rodzą się w takim społeczeństwie. Obraz życia japońskiego chłopa jest przerażający tym bardziej, że książka oparta jest na faktach.
Rok 1633. Część powieści jest napisana w formie listów – sprawozdań z wyprawy misyjnej ojca Sebastiao Rodriguesa. Mnich wraz ze swoimi współbraćmi Francisco Garrpem i Juanem de Santa Marią wyrusza na poszukiwanie mistrza, ojca Ferreiry, który działał w gminach chrześcijańskich w Japonii. Kiedy słuch o nim zaginął i zaczęły krążyć plotki o wyparciu się wiary przez mistrza, postanowiono sprawdzić, czy doniesienia są prawdziwe.
Dostajemy przygnębiający opis nędznej egzystencji japońskich chłopów, którzy mimo wszystko (a może właśnie dlatego) starają się utrzymać wiarę. Tworzą oni własne społeczności, w których bez kapłana kultywują praktyki religijne. Obserwujemy kryzys wiary w obliczu prześladowań wiernych, ale nie z obawy o własne życie, tylko „milczenie Boga” kiedy prześladowani wierni są torturowani, giną w straszliwych męczarniach. Wtedy wkradają się wątpliwości, rodzi się pytanie „dlaczego”. Tortury zadawane chrześcijanom i prześladowania wyznawców Chrystusa opisane są w sposób niezwykle obrazowy, przejmujący, ale oszczędny w słowach.
Shusaku Endo w swojej powieści poszukuje odpowiedzi na pytanie o wiarę w obliczu prześladowań, cierpienia. Przekazuje niezwykłe i liczne świadectwa, heroicznych aktów wiary, ale też kilkukrotne zaparcie się Jezusa Chrystusa. Wołanie ojca Sebastiao Rodriguesa „Panie, dlaczego milczysz, dlaczego ciągle milczysz?” zdaje się też wołaniem licznych prześladowanych na całym świecie chrześcijan.
Powieść dotyka rzeczy fundamentalnych dla chrześcijaństwa: wiary i jej dogmatów. Powstają dylematy moralne przy rozważaniach, czy bezwzględne trzymanie się dogmatów w obliczu okrucieństwa tortur i cierpień wiernych, jest naprawdę zgodne z nauką Chrystusa? Jak sobie z tym poradził bohater? Czy otrzymuje odpowiedź na nurtujące go kwestie?