Okrzyknięty za życia legendą, stał się bohaterem wielu plotek i anegdot (opisywanych m.in. przez Tadeusza Boya-Żeleńskiego i Stanisława Brzozowskiego). W Berlinie był nazywany „genialnym Polakiem” Był propagatorem haseł: „sztuka dla sztuki” i „naga dusza”, a także autorem manifestu Confiteor. Pisał w językach polskim i niemieckim.
Wyjechał do Berlina, gdzie w 1889 podjął studia architektoniczne, a rok później medyczne. Żadnego z tych kierunków nie ukończył, ponieważ za kontakty z ruchem robotniczym został aresztowany, a w rezultacie ostatecznie wydalony z uczelni w 1893. Poza tym „przykładne życie” studenta architektury czy medycyny zupełnie mu nie odpowiadało. Był jednym z tych, którzy kreowali życie berlińskiej bohemy”, otoczony gronem artystów i literatów takich jak August Strindberg, Ola Hansson, Carl Ludwig Schleich, Richard Dehmel, Edvard Munch. Ten ostatni pod wrażeniem Mszy żałobnej Przybyszewskiego namalował obraz Krzyk(1903) i wręczył mu go w prezencie.
Pod wpływem filozofii Nietzschegooraz zdobytych wiadomości z dziedziny neurofizjologii opublikował w języku niemieckim dwa krótkie eseje pt. Zur Psychologie des Individuums (1892). Szybko zyskał akceptację w skandynawsko-niemieckim środowisku cyganerii artystycznej. Przyjaźnił się z Richardem Dehmlem, Alfredem Mombertem, malarzem Edwardem Munchem, Olem Hanssonem oraz Augustem Strindbergiem.
W 1905 roku, po wybuchu rewolucji, przeniesł się do Torunia, gdzie poddał się kuracji odwykowej (był alkoholikiem). Problem alkoholowy nękał go jednak z przerwami do końca życia.
Po zakończeniu wojny został współpracownikiem poznańskiego czasopisma „Zdrój”. Po wojnie na krótko zamieszkał w Pradze, następnie w Krakowie i w Poznaniu. W latach 1919–1920 mieszkał w Poznaniu, w gmachu Dyrekcji Poczty, gdzie m.in. tłumaczył pruskie dokumenty pocztowe i sporządzał opracowania urzędowe. W latach 1920–1924 mieszkał w Gdańsku, pracując w biurze tłumaczeń Dyrekcji Kolei Państwowych. Zaangażował się w utworzenie polskiego gimnazjum, którego otwarcie w Gdańsku nastąpiło w maju 1922 roku.
Próbował osiąść w Toruniu, Zakopanem, Bydgoszcy– wszędzie bez skutku. Wreszcie z Warszawy otrzymał propozycję pracy w kancelarii cywilnej prezydenta RP, Stanisława Wojciechowskiego. W listopadzie 1924 r. zamieszkał na Zamku Królewskimw małym mieszkaniu z pracownią.
Twórczość Przybyszewskiego nie budziła w owym czasie aprobaty – dorabiał odczytami o literaturze (zwłaszcza na temat twórczości Kasprowicza), z którymi jeździł po Polsce.
Pod koniec życia Przybyszewski nawrócił się na katolicyzm. Na rok przed śmiercią pisemnie zadeklarował: „Oświadczam, że w wierze katolickiej, w której się urodziłem, chcę żyć i umierać. Za wszystkie wykroczenia przeciwko zasadom tej wiary serdecznie żałuję i pragnę wszystko naprawić. Jak najgłębiej i jak najszczerzej Kościołowi katolickiemu oddany Stanisław Przybyszewski. Warszawa, 20. X. 1926.”
Z powodu braku pieniędzy w 1927 Przybyszewski powrócił na ojczyste Kujawy, osiadając na zaproszenie Józefa Znanieckiegow dworku w Jarontachpod Inowrocławiem, w pobliżu miejsca swych narodzin. Zmarł tamże, pochowany został na przykościelnym cmentarzu w Górze. W 1931 r. wzniesiono Przybyszewskiemu nagrobek z inskrypcją: „Meteor Młodej Polski”.