Kartezjusz nazywany jest często ojcem filozofii nowożytnej. Jego działalność wydatnie przyczyniła się do porzucenia dawnych metod filozofowania, zarówno charakterystycznych dla filozofii średniowiecznej, jak i renesansowego platonizmu. Przejście to określa się czasem zmiany paradygmatu filozofii, z paradygmatu ontologicznego na mentalistyczny.
We wczesnej nowożytności doszło do wyodrębnienia się z filozofii nauk ścisłych i przyrodniczych, dotychczas uprawianych w ramach filozofii przyrody. Chociaż nadal filozofia i przyrodoznawstwo były blisko ze sobą związane, a wielu ówczesnych filozofów było jednocześnie wybitnymi naukowcami, to coraz częściej filozofia i nauka będą dla siebie jedynie inspiracją. Sam Kartezjusz – oprócz filozofii – zajmował się również matematyką, jak i badaniami z zakresu fizyki i optyki, meteorologii i fizjologii. Uważał, że jego odkrycia naukowe są ściśle związane z jego rozważaniami na tematy metafizyczne, epistemologiczne czy z zakresu filozofii umysłu. Filozofia daje też metodologiczne podstawy dla uprawiania nauk empirycznych.
Z faktu myślenia wynika równocześnie istnienie myślącego podmiotu. Tak Kartezjusz dochodzi do swego twierdzenia: „cogito ergo sum” („myślę, więc jestem”). Traktuje to twierdzenie jako prostą i podstawową ideę, która jest filarem wiedzy pewnej, z której wywodzą się kolejne sądy.
Zasadniczym rysem filozofii Kartezjusza jest dualizm duszy i ciała. Wedle Kartezjusza istnieją dwa niezależnie od siebie prapierwiastki: niematerialna i materialna substancja. Podstawową cechą substancji niematerialnej jest myślenie, materialnej zaś – rozciągłość.