Halina Manikowska – polska historyk mediewista, profesor zwyczajny w Instytucie Historii Polskiej Akademii Nauk.
Habilitowała się w 1994 roku.
W 2010 roku, po opublikowaniu książki pt. Rzym - Jerozolima - Compostela. Wielkie pielgrzymowanie u schyłku średniowiecza, uzyskała tytuł profesora.
Była także profesorem Uniwersytetu Warszawskiego (Katedra Italianistyki UW) i Akademii Teatralnej w Warszawie (Wydział Wiedzy o Teatrze i Wydział Reżyserii).
Jest redaktorem ukazującego się w językach obcych (obecnie głównie w jęz. angielskim) wydawanego przez Instytut Historii PAN czasopisma "Acta Poloniae Historica".
Żona Adama Manikowskiego.