Urodził się w Nowym Jorku jako syn Gladys (z domu Sacksman) Bourdain, redaktorki „New York Times”, i Pierre'a Bourdaina (zm. 1988), producenta muzyki klasycznej Columbia Records. Miał brata. W 1973 ukończył Dwight-Englewood School w Englewood, w stanie New Jersey. Przez dwa lata uczęszczał do Vassar College[3]. W 1978 kształcił się w Kulinarnej Szkole Amerykańskiej (Culinary Institute of America) w Hyde Park w stanie Nowy Jork, gdzie uczęszczali także m.in.: Michael Paré, Maciej Kuroń czy Paul Bocuse.
Po rozwodzie z Nancy Putkoski, 20 kwietnia 2007 ożenił się z Ottavią Busią, z którą miał córkę Ariane (ur. 9 kwietnia 2007).