Anno domini 2000 – w Antarktydę uderza meteoryt o wielkiej masie. Tą największą w historii katastrofę nazwano "drugim uderzeniem" podnosi się poziom wód, świat nękają klęski żywiołowe, upada gospodarka, konflikty narodowościowe wywołują wojny domowe... nagle populacja spada o połowę.Po 15 latach, gdy widoczne są już pierwsze oznaki odrodzenia, ludzkość staje w obliczu nowego kryzysu. Są nim "anioły" – olbrzymie maszyny bojowe o nieznanym pochodzeniu, które atakują jeden po drugim. Czy rzeczywiście są one, jak wskazywałaby nazwa, wysłańcami boga? Ludzkość, przewidując kolejne ataki "aniołów" tworzy broń wielozadaniową, która ma dać im odpór – "Evangeliony". W roku 2015 działają trzy "Evy". Na ich pilotów wybrano tzw. "trójkę dzieci" (three children). To w nich dorośli pokładają swe nadzieje. Ich ogromnie odpowiedzialna walka o być albo nie być ludzkiego gatunku rozpoczyna się właśnie teraz.