Po skończeniu studiów wrócił do kraju. Był szykanowany za odmowę dokonywania aborcji.
W 1992 r. Rada Wydziału Lekarskiego Akademii Medycznej w Łodzi nadała mu stopień profesora. W maju 1994 r. został członkiem Papieskiej Akademii Życia „Pro Vita”. Zmarł po krótkiej chorobie.
W swojej pracy naukowej zajmował się przede wszystkim rozwijaniem i wdrażaniem programu naturalnego planowania rodziny, promocją porodu naturalnego oraz biologicznymi, psychologicznymi i pedagogicznymi aspektami rozwoju dziecka w okresie prenatalnym.
Uchwałą Rady Miejskiej w Łodzi z dnia 28 maja 2003 jednej z projektowanych ulic na Złotnie nadano nazwę Profesora Włodzimierza Fijałkowskiego.