Córka Ludwiki z Lesznowskich i Jana Kownackiego. W wieku ośmiu lat została osierocona przez matkę (pochowaną na cmentarzu parafialnym w Suserzu). W 1912, m.in. z powodów finansowych, rozpoczęła pracę jako nauczycielka, nauczając m. in. w Dębowej Górze, Krzywdzie i Mińsku.
Przełomem w jej życiu okazał się rok 1919, kiedy pisarka nawiązała kontakt z Heleną Radwanową – redaktorką „Płomyka”, co sprawiło, iż Maria Kownacka zaczęła pisać artykuły do czasopism dla dzieci wydawanych przez Naszą Księgarnię. W 1929 pisarka przeprowadziła się do Warszawy na Żoliborz, na ulicę Słowackiego 5/13 m 74, gdzie obecnie znajduje się Izba Pamięci Marii Kownackiej, oddział Muzeum Książki Dziecięcej. W 1939 nabyła plac pod dom letniskowy w Łomiankach przy ul. Szpitalnej, jednak wybuch wojny i lata powojenne nie sprzyjały wzniesieniu tu domu. Dopiero w 1958 powstał tu domek letniskowy Plastusiowo, gdzie pisarka oddawała się swoim hobby – tkaniu gobelinów, wytwarzaniu miedzianej biżuterii, wyrobowi domowych przetworów, a także obserwacji ptaków, o których posiadała dużą wiedzę. W tym domu powstały m.in. Na tropach węża Eskulapa czy Za Żywopłotem.