Urodził się w rodzinie mieszczańskiej, po drugim zamążpójściu matki rodzina przeniosła się do Nürtingen, gdzie Hölderlin rozpoczął edukację. Później uczęszczał do poklasztornych szkół w Denkendorfie i Maulbronnie, następnie w latach 1791–1793 studiował m.in. teologię, filozofię, biblistykę i filologię klasyczną na Uniwersytecie w Tybindze. W okresie studiów zaprzyjaźnił się z Heglem i Schellingiem, z którymi dzielił zainteresowanie filozofią. Mówi się o wzajemnym wpływie przyjaciół na siebie, to właśnie dzięki Hölderlinowi Hegel miał zwrócić uwagę na filozofię Heraklita, której pewne elementy następnie rozwinął we własną koncepcję dialektyki.