Po przedostaniu się – w czasie walk frontowych – do Stalowej Woli, kontynuował naukę jako uczeń II klasy gimnazjum. Kontynuował też działalność harcerską, szybko zostając zastępowym i otrzymując stopień wywiadowcy. Po wojnie studiował na Wydziale Dyplomatyczno-Konsularnym i Studium Dziennikarskim Akademii Nauk Politycznych w Warszawie, skąd usunięto go z powodów politycznych.
W tym roku został również usunięty z ZHP oraz stracił stypendium w Banku Handlowym.
W 1969 r. ukończył magisterskie studia dziennikarskie na Uniwersytecie Warszawskim, a w 1980 r. na Wydziale Historycznym Uniwersytetu Warszawskiego otrzymał tytuł doktora na podstawie pracy „Monografia Organizacji Dywersyjnej AK poza wschodnimi granicami Polski w okresie wrzesień 1941 – marzec 1943”. Praca ta została uznana przez Radio „Wolna Europa” za jeden z bestsellerów 1983 roku, otrzymała nagrodę im. Włodzimierza Pietrzaka w 1983 r., była wyróżniona nagrodą specjalną przez Instytut Józefa Piłsudskiego w Nowym Jorku w 1984 r. jako „najlepsza książka w języku polskim żyjącego autora z najnowszej historii Polski wydana w latach 1981–1984”.
Fundacja Fulbrighta w USA przyznała autorowi za tę pozycję nagrodę w postaci kilkumiesięcznego pobytu w USA. Książka ”Wachlarz” oparta na tym doktoracie została wydana w sumie w ponad stutysięcznym nakładzie, co – według prof. Gieysztora – było rekordem ilościowym, jeśli chodzi o tego typu książki historyczne.
Cezary Chlebowski od 1947 r. do śmierci w 2013 mieszkał w Warszawie. W 1951 r. ożenił się z Anną Piskorską (rozwód w 1966 r.). Jest ojcem Weroniki Chlebowskiej-Dziadosz i Tomasza Chlebowskiego.
Powtórnie ożenił się z Grażyną Chlebowską.
Jest autorem 17 książek i 36 ich wznowień, a także ponad 2 tys. artykułów publicystycznych.
Jego twórczość łączy wnikliwość historyczną z talentem narracyjnym („Pozdrówcie Góry Świętokrzyskie”, „Zagłada IV odcinka”, „Odłamki granatu”, „Gdy las był domem”).
Jego najpopularniejsze książki historyczne to: „Pozdrówcie Góry Świętokrzyskie”, „Wachlarz” i autobiografia „Bez pokory”.
W sumie książki Chlebowskiego przekroczyły łączny nakład 1 miliona egzemplarzy.