W małym prowincjonalnym miasteczku zdarzają się niewytłumaczalne, brutalne morderstwa. Agenci FBI, Fox Mulder i Dana Scully szukając seryjnego mordercy trafiają do wojskowej bazy, w której realizowany jest ściśle tajny program badawczy. Jednak wewnątrz samego FBI istnieją siły, którym zależy by agenci nie odkryli prawdy. Mulder and Scully po raz kolejny przekonują się że nie mogą nikomu ufać.