Maniek, Sid i Diego powrocili, aby przeżyć jeszcze jedną nieprawdopodobną przygodę. Świat wokoł nich topnieje i oślizgłe istoty z głębin chcą nad nim zapanować. Stado wyrusza na poszukiwanie tajemniczej, ogromnej arki i po drodze spotyka najrożniejsze zwariowane zwierzęta, w tym zakręconą mamucicę Elkę. Czy Maniek, Sid, Diego i ich nowi przyjaciele zdążą znaleźć arkę, czy powodź będzie oznaczała ich koniec?