Piotr Pytlakowski jest synem Jerzego Pytlakowskiego i Sabiny z domu Wiernik (1918–1990), która pochodziła z rodziny żydowskiej i była siostrą pisarki Ireny Szymańskiej. Jej rodzice – Róża i Szymon – zostali zamordowani w czasie Holocaustu. Ukończył zaoczne zawodowe studium nauk politycznych dla dziennikarzy przy Instytucie Dziennikarstwa Uniwersytetu Warszawskiego. Pracował m.in. w „Nowej Wsi”, „Przeglądzie Tygodniowym”, „Gazecie Wyborczej”, „Życiu Warszawy”, „Życiu”, a od 1997 związany jest z tygodnikiem „Polityka”, gdzie zajmuje się dziennikarstwem śledczym i problematyką kryminalną. Jest związany z ruchem Obywatele RP.