Doktor nauk społecznych w zakresie nauk o polityce (2018 r., Instytut Nauk Politycznych i Stosunków Międzynarodowych UJ). Absolwent europeistyki i kulturoznawstwa. Jego zainteresowania badawcze skupiają się na zagadnieniach dotyczących polityki zagranicznej UE i państw członkowskich oraz jej demokratycznej kontroli, a także bezpieczeństwa międzynarodowego i studiów nad konfliktami i pokojem. Marcin Zubek brał i bierze udział jako badacz lub koordynator w wielu projektach naukowo-dydaktycznych, m.in. Jean Monnet Monnet Networks, Jean Monnet Modules, a także w programach Horyzont 2020 i Erasmus Mundus.