Po ukończeniu studiów biologicznych na Uniwersytecie Poznańskim w 1925 został delegatem Okręgowego Komitetu Ochrony Przyrody na Wielkopolskę do spraw ochrony ptaków. Rok później uzyskał stopień doktora (pracę doktorską napisał na temat owadów prostoskrzydłych Wielkopolski, mimo że już wtedy był znanym ornitologiem), a w 1936 doktora habilitowanego (na podstawie wydanej właśnie wtedy pracy „Ptaki ziem polskich”).
W 1931 został powołany w skład Państwowej Rady Ochrony Przyrody, w 1938 wybrano go przewodniczącym poznańskiego oddziału Ligi Ochrony Przyrody, a w 1956 – członkiem Zarządu Głównego tej organizacji.
W 1948 otrzymał tytuł profesora Uniwersytetu Poznańskiego. Od 1951 do przejścia na emeryturę w 1969 był wykładowcą w Wyższej Szkole Rolniczej, powstałej z wyodrębnienia z Uniwersytetu Wydziału Rolniczo-Leśnego.
Profesor Jan Sokołowski czynnie propagował ochronę ptaków, m.in. projektował i wieszał budki lęgowe, a także pisał liczne książki, artykuły i broszury popularyzujące wiedzę przyrodniczą.