W latach 1993-98 studiował kompozycję w Akademi Muzycznej w Krakowie, którą ukończył z wyróżnieniem. Od 1998 roku pracuje w krakowskiej akademii jako wykładowca przedmiotów teoretycznych, od 2004 roku na stanowisku adiunkta. W 2002 roku uzyskał stopień doktora, a w 2014 roku – stopień doktora habilitowanego sztuki muzycznej.
Współpracował z wieloma polskimi zespołami orkiestrowymi. Jego utwory wykonywane były na wielu festiwalach muzyki współczesnej. Maciej Jabłoński jest laureatem wielu konkursów kompozytorskich.