Jest rok 1982. Po dziesięciu latach przymusowej nieobecności John Rain wraca do Tokio. Dowiaduje się, że o kontrolę nad miastem konkuruje z yakuzą grupa niejakiego Victora Karkova, byłego funkcjonariusza specnazu, który parę lat wcześniej przeprowadził w Kabulu zamach na prezydenta Afganistanu. Na rozkaz Victora Rain ma zabić Sugiharę, wpływowego polityka LDP. Jeśli tego nie zrobi zginie nie tylko on, także jego tokijski przyjaciel Miyamoto. Rain, przy pomocy zaprzyjaźnionego funkcjonariusza policji, Tatsu, zbiera informacje o Victorze, o jego rosyjsko-japońskim pochodzeniu i obecnych powiązaniach, m.in. z wieloletnim agentem CIA, Calloway’em Wilsonem, specjalistą od przygotowywania politycznych przewrotów i zabójstw.