Do Polski Jan Podoski wrócił w 1947 r. Dwa lata później został więźniem "bezpieki". W 1951 r. za szpiegostwo i zamiar obalenia ustroju został skazany na 8 lat więzienia, konfiskatę mienia i pozbawienie na 3 lata praw obywatelskich i honorowych. Ze stawianych mu zarzutów został całkowicie oczyszczony w 1989 r.