Akcja dzieje się w idealnym mieście o nazwie No.6. W dniu swoich dwunastych urodzin, Shion, inteligentny chłopiec, który dorastał w bardzo dobrym środowisku, daje schronienie uciekinierowi, który przedstawia się jako Nezumi (dosł. "Mysz" lub "Szczur", w przypadku Nezumiego, w 5. tomie powieści zostało wyjaśnione, że jego imię tłumaczymy jako "Mysz"). Poszukiwany przez władze miasta chłopak spędza deszczową noc w pokoju Shiona, lecz rano znika, nie zostawiając żadnej wiadomości. Cztery lata później, Shion, podczas pracy, styka się z dwiema dziwnymi śmierciami, które są spowodowane pasożytniczym owadem w rodzaju osy. Chłopak zostaje aresztowany i posądzony o zarzucanie władzy zatajanie informacji. Z pomocą przychodzi mu Nezumi, który zabiera Shiona do swojej kryjówki.