Jeremy, Aelita, Odd, Ulrich i Yumi myślą, że pokonali Xanę i raz na zawsze wyłączyli superkomputer... ale sie mylą. Zła istota, która zamieszkiwała Lyoko, dostała się do realnego świata i opanowała Evę Skinner, ich nową koleżankę ze szkoły. Podejrzany osobnik z dwoma groźnymi psami śledzi każdy ich ruch. Agent pracuje dla grupy terrorystycznej o nazwie Green Phoenix, która chciała dostać superkomputer w swoje ręce...