Prof. dr n. med. Marek Prost ukończył studia na Wydziale Lekarskim Uniwersytetu Medycznego w Lublinie (ówcześnie Akademia Medyczna w Lublinie). Po studiach podjął pracę w Klinice Okulistyki Uniwersytetu Medycznego w Lublinie, gdzie przez kolejne lata pracował najpierw jako asystent, a następnie jako adiunkt naukowo-dydaktyczny, docent, a następnie profesor. W 1975 r uzyskał I stopień, zaś II stopień w 1978 r. specjalizacji w zakresie okulistyki. Stopień naukowy doktora nauk medycznych otrzymał w 1979r., doktora habilitowanego w1985 r., zaś tytuł naukowy profesora (w 1992 roku).