Trondheim jest twórcą lub współtwórcą ponad stu komiksów, obejmujących dużą spektrum gatunków. Bohaterami większości jego prac są antropomorficzne zwierzęta. Wiele dzieł cechuje czarny humor i duża doza okrucieństwa, stojące w kontraście do uproszczonej, „kreskówkowej” warstwy plastycznej.
Pierwszym ważnym dziełem Trondheima była seria Lapinot (Les formidables aventures de Lapinot, 1993; wydanie polskie 2009). Za komiks Slalomes otrzymał w 1993 r. nagrodę za najlepszy debiut na Międzynarodowym Festiwalu Komiksu w Angoulême. Sukces ten pozwolił mu na publikowanie prac w dużym francuskim wydawnictwie komiksowym Dargaud. Jednocześnie nadal wydawał część swoich prac w L’Association i u innych niezależnych wydawców.