W latach 1945–1948 był docentem dogmatyki w wyższej szkole zakonnej w Pullach, a w latach 1948–1949 profesorem zwyczajnym dogmatyki i historii dogmatów w Innsbrucku. Tu rozpoczął się najbardziej twórczy okres jego życia. W 1963 powołany został przez Jan XXIII na teologa II soboru watykańskiego, w którego przygotowaniu odegrał istotną rolę.
Karl Rahner był jednym z najbardziej wpływowych teologów XX wieku, który znacząco wpłynął na II sobór watykański. Próbowałaktualne ludzkie doświadczenie oraz myśl połączyć z wiarą chrześcijańską.