Jest autorem przełomowych prac z filozofii nauki. Dokonuje w nich pierwszych teoretycznych ujęć rewolucji, jakie pociągnęła za sobą fizyka kwantowa. Poza epistemologią, wiele prac poświęcił poetyce, łącząc w niej oryginalną interpretację zarazem psychoanalizy, jak i fenomenologii. W posłowiu dodanym do polskiego przekładu książki Georges Canguilhem próbuje uchwycić jedność obu tych aspektów jego filozofii. Polski przekład Poetyki marzenia został wydany w tej samej serii w 1998 roku.