Ojciec Schlinka, Edmund, był profesorem teologii w Heidelbergu, a jego dziadek, Wilhelm Schlink – profesorem mechaniki. Jego ciotka Basilea Schlink była ewangelicką założycielką zakonu. Jego szwagier, Klaus Engelhardt, to były ewangelicki biskup regionu Badenii, jak i były członek rady Niemieckiego Kościoła Ewangelickiego w Niemczech.
Tuż po narodzinach Bernhard Schlink wraz z rodziną przeniósł się do Heidelbergu, gdzie spędził dzieciństwo. Był stypendystą konwentu studenckiego Ewangelickiego Dzieła Kształcenia Villigst (niem. Das evangelische Studienwerk Villigst).