W ramach cyklu corocznie byłyby prezentowane zbiory jednego z klasztorów. Cykl został zainaugurowany w 1992r. wystawą poświęconą zbiorom zgromadzenia kapucynów. W latach następnych pokazano:
- cystersów w Mogile (1993)
- karmelitów trzewiczkowych na Piasku (1994)
- księży kanoników regularnych luterańskich przy kościele Bożego Ciała (1996)
- bernardynów (1997)
- franciszkanów reformatów (1998)
- prezentek (1999)
- franciszkanów kamedulnych (2000)
Muzeum podsumowało dotychczasowe wystawy wydaniem pamiątkowego albumu – pierwszy tom „Skarbów klasztorów krakowskich” ukazał się w 2000 roku.
Obecnie prezentujemy tom drugi, poświęcony wystawom z lat 2001–2007:
- zgromadzenia księży misjonarzy (2001)
- księży jezuitów (2002)
- paulinów na Skałce (2003)
- bonifratrów (2004)
- felicjanek (2005)
- dominikanów (2007)
Wystawy z cyklu „Skarby klasztorów krakowskich” były ewenementem w skali nie tylko Krakowa, ale wręcz muzealnictwa polskiego. Po raz pierwszy zaprezentowano tak długi cykl wystaw czasowych, na których pokazano eksponaty przedstawiające przeszłość i teraźniejszość zakonów, rzeczy wyjątkowe i niezwykłe. Plonem tych wydarzeń było wydanie pierwszego tomu albumu, a także właśnie ukazujący się tom drugi.