W czasie gdy Patrick Nevreaux znajduje na Jukatanie starodawny kodeks Majów, Peter Lavell odkrywa w Aleksandrii uznany za zaginiony dokument Platona zawierający relację o Atlantydzie. Epokowe znaleziska obu naukowców po raz kolejny stają się powodem ich wspólnej ekspedycji, tym razem na północny wschód Atlantyku. Tam, na głębokości ponad trzech tysięcy metrów pod wodą, rozpoczynają poszukiwania legendarnej Atlantydy. Tymczasem każdy ich krok jest obserwowany przez armię USA, bezwzględnego kubańskiego poszukiwacza skarbów Nu?o Gonzaleza i mającą niejasne zamiary dziennikarkę Kathleen Denver. Peter i Patrick, kierowani żądzą odkrywców, podejmują niebezpieczną wyprawę w morskie głębiny. Znajdują tam zdumiewającą spuściznę cywilizacji, która mogłaby udzielić odpowiedzi pytania związane z zagadkowymi archiwami wiedzy... Czy Projekt Atlantyda pomoże zrozumieć poprzednie odkrycia?