Oblegając Maltę, Turcy osmańscy chcieli usunąć potężnego przeciwnika, który mógłby zagrozić ich szlakom komunikacyjnym, gdyby zgodnie z planami wyruszyli na podbój Europy. To właśnie było bezpośrednią przyczyną oblężenia, które zakończyło się ogromnym sukcesem obrońców. Wykazali się oni wyjątkowym bohaterstwem. Jednak źródeł konfliktu można się doszukiwać w okresie znacznie wcześniejszym, w czasach, gdy po raz pierwszy wojska europejskie pomaszerowały do Ziemi Świętej, by w imię Chrystusa toczyć walkę z muzułmanami. Zajęcie Jerozolimy przez pierwszych krzyżowców zostało uznane za cud i wyraźny znak łaski bożej, ale muzułmanie nigdy nie wybaczyli chrześcijanom cierpień, których wówczas doznali.