Włodzimierz Szer urodził się w Warszawie w rodzinie księgowego, związanego z żydowskim ruchem socjalistycznym Bund. Po wybuchu wojny wraz z ojcem przedostał się w głąb Rosji. Zaciągnął się do Dywizji Kościuszkowskiej, walczył pod Lenino. Awansował od szeregowca do podpułkownika. Był ranny w walkach na przedpolu Warszawy. Jego rodzina zginęła w Warszawie.
Po wojnie trafił do Łodzi, gdzie się ożenił, został ojcem dwóch córek i ukończył chemię na Uniwersytecie Łódzkim. Po przymusowym okresie pracy w wojskach chemicznych podjął pracę naukową w Instytucie Biochemii i Biofizyki PAN w Warszawie. Zajmował sie syntezą zmodyfikowanych polinukleotydów i ich wpływem na biosyntezę białek. Wraz z rodziną wyemigrował z Polski po roku 1967. Został profesorem w School of Medicine New York University. Wyszkolił całe pokolenie lekarzy, jest autorem 160 publikacji naukowych.
Włodzimierz Szer w 1999 r., już jako emeryt, osiedlił się w San Diego.