Ksiądz Jerzy Kownacki po ukończeniu studiów teologicznych w Gdańskim Seminarium Duchownym przyjął w 1964 r. święcenia kapłańskie z rąk bp. Edmunda Nowickiego, za specjalnym pozwoleniem Stolicy Apostolskiej (ze względu na młody wiek). Na początku pełnił funkcję wikariusza w kościele Trójcy Świętej w Gdańsku Oliwie (katedra oliwska), był też kapelanem biskupa pomocniczego diecezji gdańskiej Lecha Kaczmarka.
W 1965 r. skierowany został na studia teologiczne do Rzymu w Papieskim Instytucie Liturgicznym św. Anzelma przy Uniwersytecie Laterańskim i jednocześnie na studia liturgiczne w Papieskim Instytucie Pastoralnym w Rzymie. W 1970 uzyskał licencjat z teologii na podstawie pracy Commune Sanctorum w Nowym Mszale Rzymskim, a w 1971 został doktorem teologii. Był świadkiem obrad Soboru Watykańskiego II.
W 1965 r. skierowany został na studia teologiczne do Rzymu w Papieskim Instytucie Liturgicznym św. Anzelma przy Uniwersytecie Laterańskim i jednocześnie na studia liturgiczne w Papieskim Instytucie Pastoralnym w Rzymie. W 1970 uzyskał licencjat z teologii na podstawie pracy Commune Sanctorum w Nowym Mszale Rzymskim, a w 1971 został doktorem teologii. Był świadkiem obrad Soboru Watykańskiego II.
Po powrocie z Watykanu był kapelanem bp. Lecha Kaczmarka, a od następnie wikariuszem parafii Najświętszego Serca Pana Jezusa w Sopocie. Pełnił posługę kapłańska również w innych parafiach w Gdańsku i Gdyni. W 1999 r. został kapelanem i jednocześnie rezydentem w Domu Seniora im. Jana Pawła II na Przymorzu.