Bocheński był logikiem, historykiem logiki i badaczem filozofii i myśli współczesnej: historia logiki i krytyka kultury współczesnej wyznaczały dwa główne pola jego badań.
Kilkukrotnie zmieniał poglądy filozoficzne. W młodości żywił sympatie do kantyzmu, później został zwolennikiem tomizmu, który łączył z filozofią analityczną. Na początku lat 60. porzucił tomizm, dokonując rewizji swoich poglądów na rozwój filozofii europejskiej i tworząc własny system analitycznej filozofii chrześcijańskiej.
Bocheński był krytykiem marksizmu. Ściśle odróżniał myśl Marksa jako socjologa od późniejszego marksizmu-leninizmu. Marksizm, a zwłaszcza marksizm-leninizm uznawał za syntezę i kulminację wszystkich nowożytnych zabobonów.
Bezkompromisowo ganił intelektualistów kolaborujących z komunizmem (nazywał ich „zgniłkami”, przy czym jak sam podkreślał jest to stwierdzenie naukowe, oznaczające ludzi, którzy nie wierzą w prawdę oraz są produktem rozkładającego się społeczeństwa).
W dziedzinie ekonomii Bocheński opracował logiczną analizę współczesnego przedsiębiorstwa. W tej analizie wyodrębnił czynniki zewnętrzne mające wpływ na działanie przedsiębiorstwa, a przede wszystkim wyeksponował rolę przedsiębiorcy, którego inwencja, pracowitość i zaangażowanie warunkują rozwój przedsiębiorstwa.